रोगियों का मूत्र सामान्य था, और संक्रमण मूत्राशय की दीवार फाइब्रोसिस का प्राथमिक कारण नहीं था। कुछ विद्वानों का मानना है कि पेल्विक सर्जरी या संक्रमण के कारण होने वाली लसीका रुकावट इसका कारण है, लेकिन कई रोगियों का ऐसा कोई इतिहास नहीं है। अन्य विद्वानों ने प्रस्तावित किया है कि यह मूत्राशय या पैल्विक अंगों के तीव्र संक्रमण के साथ थ्रोम्बोफ्लेबिटिस के कारण होता है, या मानसिक तनाव के कारण छोटी धमनियों में दीर्घकालिक ऐंठन के कारण होता है, और अंतःस्रावी कारकों से भी संबंधित हो सकता है। व्यापक सबूत बताते हैं कि इंटरस्टिशियल सिस्टिटिस एक ऑटोइम्यून कोलेजन रोग है। इंटरस्टिशियल सिस्टिटिस में मस्तूल कोशिकाओं और मूत्राशय की सतह अमीनो एसिड ग्लाइकोसाइड की भूमिका ने ध्यान आकर्षित किया है, और कुछ शोधकर्ता वर्तमान में इस क्षेत्र में अध्ययन कर रहे हैं।
मरीज़ों को अक्सर लंबे समय तक प्रगतिशील मूत्र आवृत्ति, तात्कालिकता और रात्रिचर्या का अनुभव होता है। जब मूत्राशय भरा होता है तो सुपरप्यूबिक क्षेत्र में दर्द महत्वपूर्ण होता है, और कभी-कभी मूत्रमार्ग और पेरिनियल दर्द भी हो सकता है, जो पेशाब के बाद राहत देता है। हेमट्यूरिया कभी-कभी हो सकता है, और जब मूत्राशय अधिक भर जाता है और फूल जाता है तो यह अधिक स्पष्ट होता है। कुछ रोगियों में एलर्जी संबंधी बीमारियों का इतिहास हो सकता है।
